Vanaf 1900 ontving de KNBV met regelmatig wetenschappelijke boeken, tijdschriften en overdrukken. Zo ontstond een flinke bibliotheek. Vanaf de jaren ’70 werd de bibliotheek niet meer actief aangevuld en was bibliotheekbezoek niet goed meer mogelijk. Naturalis en de KNBV hebben de handen ineen geslagen om de boeken- en tijdschriftencollecties te integreren. Hiervoor zijn met hulp van Naturalis-medewerkers, KNBV-leden en FLORON-vrijwilligers ontbrekende exemplaren opgespoord. Deze zijn in oktober 2021 aan de Naturalis-bibliotheek toegevoegd, waar het mogelijk is om ze in te zien en te lenen. De dubbele exemplaren worden afgestoten en aangeboden aan particulieren, zodat ze zoveel mogelijk bij botanici en plantenliefhebbers in Nederland blijven circuleren.
Echt waardevolle boeken – bijvoorbeeld het kruidboek van Dodonaeus en oude, rijk-geïllustreerde werken – vallen buiten deze collectie en worden al vele jaren bewaard in een beveiligde ruimte in Naturalis.